Основное направление деятельности хозяйствующих субъектов СЭЗ «Навои» — производство широкого спектра высокотехнологичной, конкурентоспособной на мировых рынках продукции за счёт внедрения современного зарубежного высокопроизводительного оборудования и техники, технологических линий и модулей, инновационных технологий.

На территории СЭЗ созданы все условия для создания промышленных комплексов с полным циклом производства от сырья до готовой продукции во всех отраслях промышленности.

Исходя из концепции создания СЭЗ «Навои», на его территории размещаются предприятия следующих отраслей и направлений:

• производство электротехнических продуктов
• производство телекоммуникационного оборудования
• предприятия машиностроения, приборостроения и комплектующих частей
• производство лекарственных изделий и медицинского оборудования
• переработка и упаковка пищевых продуктов
• производство пластиковых и полимерных изделий
• современные строительные материалы
• производство готовых текстильных изделий
• глубокая переработка сельскохозяйственной продукции
• экологическая безопасная химическая промышленность
• другие валютоокупаемые и экспортоориентированные продукции